C'est au cours du Moyen-Age qu'apparut la "Tête de Maure", mais avec le bandeau baissée sur les yeux. Elle symbolisait alors la victoire des croisés sur les musulmans.
C'est en 1297 qu'elle débarqua sur l'île de beauté. Nous allons tenter de reconstituer un peu du contexte historique, en gardant toutefois à l'esprit que le début du XIVème siècle est très mouvementé en Corse, du fait des différents envahisseurs (citons le chroniqueur Giovanni della Grossa : " Sitôt que l'un s'était rendu maître de l'Ile, un autre surgissait, et lui arrachait en un seul jour ce qu'il avait eu tant de peine à acquérir en un an.").
A l'époque, la Corse était au centre de l'affrontement auquel se livrait Gênes et Pise.
Il faudra attendre 1736 pour voir à nouveau une liaison entre la "Tête de Maure" et la Corse. A la suite d'une aventure étrange ou "rocambolesque", pour citer Pierre Antonetti, le souverain de la Corse était le Roi Théodore, fils d'un baron allemand et d'une bourgeoise flamande, et qui reigna sur la Corse à peine 7 mois ! Quoiqu'il en soit, il fut le premier à choisir l'emblème que nous connaissons aujourd'hui. Le bandeau a été relevé sur le front du Maure afin de symboliser la libération de la Corse.
Mais son adoption "définitive" et "officielle" par le coeur des Corses est incontestablement dûe à Pascal Paoli, lequel choisit ce drapeau pour la nation corse fondée en 1755.